Die erste Erwähnung von Moravské Budějovice stammt aus dem Jahr 1231, die Stadt wurde in einer Urkunde erwähnt, in der bekannt gegeben wurde, dass Papst Gregor IX. nimmt die Witwe von Přemysl Otakar I. und ihre Mitgiftgüter unter seinen Schutz. Ihr Name war Konstancie Uherská. Damals lag die Stadt am sogenannten Haberska-Weg. Wahrscheinlich befand sich in der Stadt eine befestigte Burg, und die Errichtung des Marktplatzes im Bereich des heutigen Hauptplatzes wurde auf das Ende des 13. Jahrhunderts datiert.
Die Stadt gehörte damals den Lichtenburgern, den Besitzern der Burg und des Gutshofes Bítov, 1498 wurde Moravské Budějovice eine Vasallenstadt und erhielt ein Wappen.
